El Eco fue diseñado por Mathias Goeritz en 1953 como una estructura poética, una escultura penetrable que tiene el objetivo de ser una plataforma de encuentro para las artes. Después de una historia errática, a lo largo de la cual, el edificio se convirtió en un restaurante, un club nocturno, un teatro y un lugar de encuentro para actividades políticas, la Universidad Nacional Autónoma de México compró el edificio en 2004 y re-abrió el museo con la voluntad de revivir el legado de Goeritz. Así, el programa se inspira de su arquitectura y de los intereses conceptuales de su fundador. El museo busca reflexionar sobre la modernidad y lo contemporáneo enfatizando el experimento, la emoción y el pensamiento interdisciplinario. Además de las exposiciones y actividades artísticas que organiza, desde el 2010 realiza un concurso de arquitectura llamado Pabellón Eco.